La Japan Karate Association è stata costituita nel 1949 , quando i Maestri Isao Obata , Masatoshi Nakayama e molti altri allievi di Gichin Funakoshi Sensei si unirono per formare una organizzazione dedicata alla ricerca, la promozione , la gestione degli eventi e l'educazione del Karate Shotokan . Gichin Funakoshi Sensei ricoprì la carica di fondatore ed essenzialmente fu l'equivalente di Capo Istruttore emerito , e designo’ il suo allievo Nakayama come capo istruttore . Nakayama era un giovane uomo con un notevole carisma e con una solida comprensione dei principi scientifici . Con la designazione di Nakayama come capo istruttore avvenne una rapida crescita del Karate in Giappone e di iniziative utili per aiutarlo a crescere in tutto il mondo. Molti degli istruttori senior provengono dall’ Università Takushoku dove furono istituiti i primi programmi di formazione istruttori JKA .

La JKA ha lavorato sodo ed il 10 Aprile 1957 è diventata Ente di persona giuridica ai sensi della legge giapponese ed è stata riconosciuta dal Ministero dell'educazione giapponese in quanto tale .

Nessun'altra organizzazione di Karate ha goduto di questo status, riconosciuto dal Governo giapponese. Funakoshi Sensei morì solamente due settimane dopo l’avvenuto riconoscimento da parte del governo, lasciando la JKA come l'unica organizzazione professionale Karate riconosciuta come entità giuridica in Giappone.

E’ oggi sepolto all’Egakuji Shrine a Kamakura, Tokyo, meta di pellegrinaggio di adepti del Karate Shotokan.

Anche JKASicilia è stata li.

Sulla sua tomba un epitaffio recita:

“Karate ni sente Nashi”, ovvero il Karate non attacca mai per primo.

La odierna sede Centrale, Honbu Dojo della J.K.A. si trova ad Iidabashi nel centro di Tokyo.

Il 1° aprile 2012 la JKA ha ricevuto lo status ufficiale di “KOEKI SHADAN HOJIN” ovvero “Associazione di Pubblico Interesse” che oggi nelle arti marziali possiede il Kendo; questa legittimazione nell’ambito del Karate avviene per lo stile Shotokan, in particolare per la JKA fondata nel 1949 ad opera del Maestro Funakoshi.